간흡충은 감염되면 담관에서 주로 서식하기 때문에 담관에 심각한 피해를 입힌다. 이 생물이 움직임으로 인해서 발생하는 물리·기계적 자극은 담관 상피세포에 염증을 일으켜 세포 일부가 탈락하게 하며, 이게 다시 세포의 복구와 탈락이 반복되면서 손상 부위에 변성을 일으켜 주위가 섬유화가 일어난다. 더 나아가면 상피세포가 악성화 즉, 암세포로 변이하여 이것이 증식하면 간암의 일종인 담관암이 발생하게 된다. 이러한 병적 변화는 매우 심각하여 국제 암 연구 기관(IARC)에서는 이 생물을 1군 발암 물질로 규정하고 있다.