GSEA图的解释

in #hive-10501713 days ago

今天帮忙解释了一个内容,自己也是查阅得到的结果,因此记录一下。

Q:这种图我不会看,是怎么解释的?

这类图是GSEA。
对某一个特定的情况下(通路/或者其他),针对两个表型(箭头所指,可以是疾病/对照;也可以是野生型和对照组;任何都可以),按我们输入的基因集合更偏向哪边。并且可以找出那部分

微信图片_20201018233143.png

图中
1就是选定的通路
2是我们输入的基因在这张图上更偏向DFS good. 黑色竖线每一竖代表一个基因,这里3就是更偏向DFS good的是什么。

这里就是显示,我们输入的基因在Fatty_acid_metabolism这条通路中,是更偏向DFS good组。
具体生物学还要看这些基因是怎么来的。如果说是服药导致的,那么就是吃了这个药导致在Fatty_acid_metabolism中与DFS good有关的基因更多。

NES与FDR这里是用来判别这次GSEA是否成功,就和P数值在检验中的功能一样。

Q:2越低越好吗,那条绿色的线?

更偏向一边,主要还是整体趋势,算是越好。其实整体偏向一边,就代表在选定的通路中,有偏向性了。

参考:https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp