For å kunne utføre en form for generell simulering av et gen, må man definere grunnleggende presentasjon av hvordan man strukturell kan gjenskape et gen fra et DNA-genom.
Definisjon
Et gen fra et genom, der α representerer et av elementene i et gen i en sekvens.
α ε {a,g,t,c}
Gitt av funksjonen Ɠ der hele genet gitt av elementer av α i en sekvens.
Ɠ(α[n]) ε { T4 /gene=”soc” complement(15331..15573) }
eller
Ɠ(α[n]) ε {
c,t,t,g,a,g,t,t,a,t,t,a,a,c,c,a,g,t,t,a,c,t,t,t,c,c,a,c,a,a,a,t,c,t,t,c,a,t,t,t,g,c,a,g,c,
a,a,t,c,c,a,t,t,c,a,g,t,a,c,g,t,t,g,a,t,t,t,t,c,t,t,c,a,t,a,t,a,c,t,g,t,a,g,a,a,t,a,t,g,c,
t,g,c,t,t,t,t,t,c,t,g,a,a,g,g,g,a,a,t,g,t,c,t,g,g,t,a,a,t,g,a,g,c,g,c,c,a,g,a,a,a,t,t,t,
t,g,t,g,a,a,c,g,t,c,a,g,a,a,t,a,a,a,g,a,g,g,g,a,a,a,g,c,t,a,c,a,g,a,a,a,t,t,t,c,c,t,
t,c,c,t,t,c,a,a,t,t,t,t,c,t,t,a,t,t,t,c,c,a,t,c,t,a,a,t,t,t,c,t,g,c,t,c,a,a,a,t,g,t,t,t,t,g,
a,t,a,t,t,a,a,c,a,t,a,a,c,c,g,c,g,a,g,t,a,c,t,a,g,c,c,a,t
}
der n er den gitte posisjon i gen-sekvensen.
ƪ(Ɠ,Ƒ) er iterasjon funksjon av gen Ɠ med operator funksjon Ƒ. Der operator funksjon Ƒ utfører ønsket manipulasjon av iterasjon funksjon ƪ. Slik som rotasjon, faktorering og posisjonering.
Simulering
Fra den gitte definisjon har jeg laget et program som lager en 3D representasjon av det gitte genet.
Dette er første forsøk, så det er ikke 100% og det kan ha dukket en eller annen feil inn.
Men her er mitt første programmering forsøk på å generere gen via den gitte metode som vist ovenfor.
Det som er i sort-hvitt er min generering av de gitt gen som vist nedenfor.
Som man kan se så er det i rett retning. Men det trengs å jobbe mer.
Referanse:
[1] https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/AF158101&display=text
[2] http://3.bp.blogspot.com/_yWhcpLj_iZI/S5i-_3plSHI/AAAAAAAAAD4/Jf6PNVALcVg/s1600-h/