关于PPI(蛋白蛋白相互作用)网络构建的方法

in HIVE CN 中文社区5 years ago (edited)

传统意义上,因为PPI网络十分大,因此,大致看一下结果就行,但是这种分析,算是10多年前的套路了。

最近有一篇COVID-19的文章,文中有这样的图。

微信截图_20201202232203.png
figure from Nature

作者也是通过MS,多次重复,选取高质量的interaction,之后,在补充数据库数据。

这里的构建方法是,先构建网络,再做注释。即,不要先注释,而是根据网络的结果,选取存在物理相互作用的类,拿这类去做注释,看看是什么。

注释:http://amigo.geneontology.org/amigo 在这里就可以,统计矫正可以选用轻微一些的FDR。对q-value进行排序选取最显著的就可以了。


另外,这里如何画上黄色的外圈呢? 在AI里面找了好久,没找到..... 后来发现文章中的结果,在adobe acrobat中可以选中文字,但是图片的点不能选中!!

那就说明这些点和线是在PS中被修改过。

接下来,打开PS,用魔棒选中点与线,然后切换到选框工具后,右键,描边,选择外围描边,确定颜色和像素大小就可以了。